코골이의 가장 큰 문제점은 수면무호흡증입니다.

코골이 환자의 15-20%는 폐쇄성 수면무호흡증을 동반하는데, 이런 상태가 얼마간 지속이 되면 폐가 신선한 공기를 얻지 못하게 되므로 이를 감지한 뇌가 명령을 하여 우리 몸을 깨우고 근육을 수축시켜 공기 통로를 다시 열어주게 됩니다. 이 때가 되어서야 환자는 숨을 크게 한 번 몰아쉰 후 호흡을 다시 시작하게 되는 것입니다. 따라서 환자는 깊은 수면 상태를 지속적으로 유지할 수 없으므로 수면 장애를 일으키게 되고 이런 일이 매일 밤 되풀이되면 낮동안 심한 피로와 졸을을 느끼게 되고 종종 교통 사고의 원인이 되기도 합니다.
또한 고혈압, 심근 비대, 심부정맥, 심근 경색증과 같은 심각한 합병증을 일으킬 수 있습니다.